Preston North End

David Moyes đã tiếp quản vị trí huấn luyện viên của Preston từ tay Gary Peters vào tháng 1 năm 1998 trong tình cảnh câu lạc bộ đang đấu tranh ở giải hạng nhì để chống nguy cơ xuống hạng. Ông đã giúp đội bóng này tránh bị rớt hạng ở cuối mùa giải 1997-1998 và thậm chí đã cùng Preston bước đến trận chung kết giành vé playoffs nhưng cuối cùng đã để thua. Mùa giải tiếp theo, Moyes đã hoàn thành mục tiêu đưa Preston lên giải hạng nhất. Mùa giải sau đó, ông tiếp tục đưa các học trò đến với trận chung kết để tranh xuất playoffs nhưng đã thất bại vào năm 2001 và vào cuối mùa giải sau, Moyes đã tới Everton, để tiếp nhận cương vị huấn luyện từ đồng nghiệp Scot Walter Smith trong tháng 3 năm 2002. Trong sự nghiệp huấn luyện ở đây, Moyes đã dẫn dắt Preston 243 trận đấu trong đó đội bóng của ông đã thắng 113, thua 63 và hòa 67.

Everton

Moyes gia nhập Everton vào ngày 14 tháng 3 năm 2002 và có trận đấu đầu tiên do ông phụ trách trước Fulham tại sân nhà Goodison Park. Everton thắng 2-1, với kỷ lục David Unsworth ghi bàn mở tỉ số chỉ sau ba mươi giây.[3]

Mùa giải đầu tiên (2002-03) tại The Toffees, ông đã đưa Everton leo lên vị trí thứ bảy tại Giải ngoại hạng, thành tích vượt xa vị trí tốt nhất của Everton trong sáu mùa bóng trước đó và ông còn tìm được một tài năng của bóng đá Anh cho câu lạc bộ, Wayne Rooney.

Mùa giải 2007-08, ông giúp Everton lọt vào trận bán kết Cúp Liên đoàn nhưng cuối cùng đã thất bại và không thể vào chung kết. Năm 2009, Everton đánh bại Manchester United trong trận bán kết Cúp FA nhờ loạt đá Penalty[4] nhưng đã để thua Chelsea trong trận chung kết với tỉ số 2-1.[5]

Everton của Moyes khởi đầu mùa giải 2009-10 một cách tồi tệ với trận thua bẽ mặt 6-1 trước Arsenal.[6] Nhưng mùa giải này thật sự thành công đối với đội bóng này khi David cùng các học trò lần lượt đánh bại cả những "ông lớn" như Chelsea (2-1),[7] Manchester United (3-1),[8] và cả đội bóng nhà giàu mới nổi Manchester City (2-0) đều trên sân nhà Goodison Park và kết thúc mùa giải ở vị trí thứ tám với 61 điểm.

Ngày 21 tháng 4 năm 2010, có nhiều nguồn tin thông báo Sir. Alex Ferguson xác nhận rõ ràng rằng Moyes sẽ là người kế nhiệm ông làm huấn luyện viên của Manchester United.[9] Ngày 14 tháng 5, Moyes tiết lộ rằng ông sẽ quan tâm tới việc dẫn dắt câu lạc bộ mình đã khởi nghiệp Celtic trong tương lai.

Manchester United

Sau khi Alex Ferguson tuyên bố nghỉ hưu, ngày 09/05/2013 Manchester United chính thức bổ nhiệm David Moyes là huấn luyện viên trưởng với bản hợp đồng kéo dài 6 năm. Ông đã bắt đầu dẫn dắt câu lạc bộ vào ngày 01/07/2013, ngay sau khi ông hết hợp đồng với CLB Everton. Ngày 11/8/2013 David Moyes đã có được danh hiệu đầu tiên với Manchester United là chiếc cúp Community Shield (Siêu cúp Anh) khi Manchester Utd đánh bại Wigan Athletic với tỉ số 2-0.

Khởi đầu suôn sẻ bằng chiến thắng 4-1 trước Swansea City tại đấu trường Ngoại hạng Anh nhưng sau đó Man United của HLV David Moyes không còn giữ được sự thăng hoa đó. Manchester United hòa Chelsea 0-0 trên sân nhà 1-3 trên sân khách, Thua Liverpool 0-1 lượt đi và 3-0 lượt về, thua Manchester City 4-1 trên sân Etihad và 0-3 tại sân nhà và nhiều trận thua không đáng có trước CLB được đánh giá yếu hơn nhiều là West Bromwich Albion và Newcastle United với tỉ số lần lượt là 1-2 và 0-1 trên thánh địa Old Trafford. Tại cúp FA, Manchester United bị loại cay đắng trước Swansea City với tỉ số 1-2, Dừng bước trước Sunderland tại Capital One Cup trong loạt sút Penalty (1-2) sau khi hòa 3-3 qua hai lượt trận. Manchester United của David Moyes chỉ thắng 1 và hòa 2 khi đối đầu với 6 đội đầu bảng xếp hạng gồm chiến thắng gây ngạc nhiên 1-0 trước Arsenal lượt đi hòa 0-0 lượt về và trận hòa có phần chật vật trước Tottenham 2-2 mà Rooney là người lập cú đúp.

Tại đấu trường UEFA Champions League HLV David Moyes và các học trò vẫn giữ được mạch bất bại họ có 4 trận thắng 2 trận hòa và vựợt qua vòng bảng đáng chú ý nhất là trận lội ngược dòng 3-0 trên sân nhà trước câu lạc bộ Olympiakos với Hat-trick của Robin van Persie sau khi Man United bị thất thủ 0-2 ở lượt đi vòng 1/8. nhưng bị loại ở tứ kết bởi Bayern với tỉ số chung cuộc 4-2.

Lối chơi của Man United bị chỉ trích nặng nề dưới thời Moyes, chơi rời rạc, thiếu tính đột biến và quyết liệt, yếu khi giữ và chuyền bóng. Lối chơi tạt cánh đánh đầu không cho nhiều hiệu quả của Moyes với kỉ lục là 83 quả tạt mà Quỷ đỏ thực hiện trong trận Man Utd 2-2 Fulham kèm với hàng hậu vệ non kinh nghiệm hay mắc nhiều lỗi, thường xuyên gặp khó khăn trước những đòn phản công biến ảo của đối thủ từ đội yếu đến đội mạnh. Khác xa so với thời huy hoàng cùng Sir Alex Ferguson.

Ngày ngày 22 tháng 4 năm 2014, ông bị CLB sa thải sau 10 tháng làm việc.

Real Sociedad

Sau khoảng thời gian đen tối cùng với Manchester United và 7 tháng thất nghiệp sau khi bị Manchester United thanh lý hợp đồng sớm, David Moyes đã được BLĐ đội bóng xứ Basque mời về tiếp quản chiếc ghế HLV trưởng CLB Real Sociedad mà Jagoba Arrasate đã bỏ lại. Bản hợp đồng của David Moyes và Real Sociedad có thời hạn 18 tháng sẽ kết thúc vào ngày 30/6/2016.